마지막 부분에 wiki.php로 접근하지 않고 wiki/로 접근하려고 한다면 여러 방법이 있는데 다음의 방법을 추천합니다.

root 폴더의 .htaccess에 다음을 추가합니다.

<Files moni>
SetHandler application/x-httpd-php
</Files>

root 폴더에 wiki라는 파일을 다음과 같이 만듭니다.

<?php
chdir("/moniwiki");
include("wiki.php");
?>

그러면 다음과 같이 접근이 됩니다.
config.php에서 다음과 같이 수정합니다.

$url_prefix='/moniwiki';